1960年11月，交通部科学研究院成立。

　　1981年4月，交通部调整交通部科学研究院科研体制，保留交通部科学研究院名称，与交通部科技局一个机构，两块牌子。

　　1989年9月，国家机构编制委员会批准，交通部决定恢复交通部科学研究院，是部属一级事业单位，在交通部领导下，对直属科研所（院）进行归口管理。

　　1999年9月，交通部党组批准交通部科学研究院重组。由原交通部科学研究院、交通部科技信息研究所、交通部标准计量研究所组成。

　　2000年7月，科学技术部、中央机构编制委员会办公室、财政部等国家六部委联合发文，批准国务院11个部门（单位）所属科研机构转制方案，交通部科学研究院保留为交通部直属科研事业单位。